Najistotniejszą zmianą w podatku dochodowym osób fizycznych prowadzących działalność gospodarczą w 2013 roku jest kwestia niezapłaconych faktur, zarówno pod względem podatku dochodowego od osób fizycznych, jak i VAT -  bowiem rodzi skutki podatkowe.

W podatku dochodowym wydatek potwierdzony fakturą a nieuregulowany w terminie 30 dni od upływu terminu płatności nie będzie stanowił kosztu uzyskania przychodu.

Po upływie tego terminu (w przypadku jego wcześniejszego zaksięgowania) podatnik będzie zobowiązany do zmniejszenia kosztów uzyskania przychodów o kwotę wynikającą z tej faktury.

Jeśli jednak termin płatności określony na fakturze będzie dłuższy niż 60 dni nabywca (podatnik) zobowiązany będzie do dokonania korekty kosztów z upływem 90 dni od daty zaliczenia tej kwoty do kosztów uzyskania przychodów.

Tak więc zobowiązania nieuregulowane w terminie 90 dni od daty zaliczenia ich do kosztów uzyskania przychodów nie będą stanowiły kosztów od miesiąca, w którym minął 90-dniowy termin, aż do czasu ich uregulowania.

Reasumując, obowiązek zmniejszania kosztów uzyskania przychodów będzie powstawał w miesiącu, w którym upłynie 30-dniowy termin płatności dla umów (transakcji) z terminem płatności do 60 dni oraz 90-dniowy dla umów z terminem płatności dłuższym niż 60 dni.

Niezapłacona faktura rodzi także skutki w podatku VAT. Dłużnik zobowiązany jest do korekty odliczonej kwoty podatku VAT wynikającej z niezapłaconej faktury, w rozliczeniu za okres (miesiąc lub kwartał), w którym upłynął 150 dzień od dnia upływu terminu płatności określonego na fakturze.

Obowiązek korekty podatku naliczonego jest niezależny od korekty podatku należnego dokonywanego przez wierzyciela (sprzedawcę) – ulga za złe długi.

W zakresie ulgi za złe długi skróceniu uległ natomiast termin uprawniający do skorzystania z ulgi za złe długi z 180 do 150 dni. Po upływie tego terminu wierzyciel (sprzedawca) ma prawo do skorygowania podstawy opodatkowania VAT oraz podatku należnego w przypadku wierzytelności, których nieściągalność została uprawdopodobniona.

Wierzyciel składając korektę deklaracji złoży także zawiadomienie VAT-ZD, w którym wskaże kwotę niezapłaconej faktury, wysokość podatku oraz dane dłużnika.

Dłużnik nie musi być obecnie powiadomiony o korekcie podatku należnego. Gdy dłużnik nie skoryguje swojego podatku naliczonego organ podatkowy obciąży go dodatkowym zobowiązaniem podatkowym w wysokości 30% kwoty podatku wynikającego z nieuregulowanych faktur.

Stało się więc niezwykle istotne potwierdzenie (udokumentowanie) zapłaty wszystkich faktur, z których podatnik odlicza VAT naliczony. Faktury zawierać powinny albo adnotacje o zapłacie gotówką, albo dopięte potwierdzenie zapłaty (przelewem, kartą itp.) tak, aby można było bezsprzecznie potwierdzić możliwość i moment odliczenia podatku naliczonego VAT.